大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列。它包含了 种核苷酸,简记作 A, C, G, T
。生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物。
在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。
题目描述:
两个基因的相似度的计算方法如下:
对于两个已知基因,例如 AGTGATG
和 GTTAG
,将它们的碱基互相对应。当然,中间可以加入一些空碱基 -
,例如:
A |
G |
T |
G |
A |
T |
- |
G |
- |
G |
T |
- |
- |
T |
A |
G |
这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述,碱基之间的相似度如下表所示:
|
A |
C |
G |
T |
- |
A |
5 |
-1 |
-2 |
-1 |
-3 |
C |
-1 |
5 |
-3 |
-2 |
-4 |
G |
-2 |
-3 |
5 |
-2 |
-2 |
T |
-1 |
-2 |
-2 |
5 |
-1 |
- |
-3 |
-4 |
-2 |
-1 |
* |
那么相似度就是:。因为两个基因的对应方法不唯一,例如又有:
A |
G |
T |
G |
A |
T |
G |
- |
G |
T |
T |
A |
- |
G |
相似度为:。规定两个基因的相似度为所有对应方法中,相似度最大的那个